Die Wurzeln des Instituts für Zeitgeschichte reichen bis in die Besatzungszeit nach dem Zweiten Weltkrieg zurück. Schon 1947 gab es in der amerikanischen Besatzungszone Bestrebungen, ein "Institut zur Erforschung der nationalsozialistischen Politik" zu gründen. Unter etwas verändertem Namen - "Deutsches Institut für Geschichte der nationalsozialistischen Zeit" - begann das Institut 1949 mit seiner Arbeit, die seit 1950 durch finanzielle Zuweisungen des Bundes und des Freistaates Bayern getragen wurde. 1952 erhielt das Institut seine bis heute gültige Bezeichnung "Institut für Zeitgeschichte". Von diesem Zeitpunkt an war die Tätigkeit des Instituts, von dem zunächst auch politische Bildungsarbeit erwartet wurde, "von ausschließlich wissenschaftlichen Gesichtspunkten bestimmt".

Im September 1961 erhielt das Institut seine heutige rechtlich-organisatorische Struktur. Als "Stiftung zur wissenschaftlichen Erforschung der Zeitgeschichte" hat es seitdem die Rechtsform einer öffentlichen Stiftung des Bürgerlichen Rechts, die von der Bundesrepublik Deutschland, dem Freistaat Bayern und weiteren sechs Ländern getragen wird. Seit 1975 erfolgt die Finanzierung der Daueraufgaben des Instituts nach Art. 91b GG gemeinsam durch den Bund und die Länder. Damit gehört das Institut zu den Forschungseinrichtungen der "Blauen Liste", die sich 1995 zur "Wissenschaftsgemeinschaft Blaue Liste" zusammengeschlossen haben, die seit 1997 unter der Bezeichnung "Wissenschaftsgemeinschaft Gottfried Wilhelm Leibniz" firmiert.

Die Forschungsarbeit des Instituts, in der bis in die siebziger Jahre die nationalsozialistische Diktatur und ihre Vorgeschichte sowie ihre unmittelbaren Folgen im Mittelpunkt standen, hat seitdem in der Geschichte der Bundesrepublik Deutschland und der DDR, die auch in ihren internationalen Zusammenhängen untersucht werden, weitere Schwerpunkte gefunden. Dies kommt u.a. in der Gründung von Abteilungen in Bonn und Potsdam, jetzt Berlin, in den Jahren 1990 und 1994 zum Ausdruck.