Vom Aktenblatt im Archiv bis zum kommentierten und publizierten Dokument in der Edition ist es ein langer Weg: Neben bekannten und zentralen Quellen zum Holocaust recherchieren die Bandbearbeiterinnen und Bandbearbeiter weltweit in Archiven nach zum Teil noch nie veröffentlichten Dokumenten. Dabei tragen sie vielfältige Quellentypen zusammen: private Briefe und Tagebucheinträge, Gedichte, abgedruckte Reden, Artikel, behördliche Schreiben und juristische Texte. In manchen Fällen erhalten sie Erlaubnis von Angehörigen, private Dokumente in die Edition mitaufzunehmen. Die Auswahl der Dokumente wird mit dem Herausgebergremium abgestimmt.

Aus über 20 Sprachen werden die verschiedenen Dokumente ins Deutsche – bzw. ins Englische – übersetzt.

Für die Kommentierung sind ebenfalls umfangreiche Recherchen in der einschlägigen Literatur, in Datenbanken und Archiven sowie Anfragen bei Behörden, Vereinen und Privatpersonen notwendig. Der Anspruch, jede handelnde Person in einer biografischen Fußnote vorzustellen, kann trotz intensiver Nachforschungen nicht immer eingelöst werden, da sich auf Seiten der Verfolgten die Spuren in den Quellen oft schnell verlieren, zumal in Ländern, in denen auf die Überlieferung wenig Wert gelegt wurde. Die Täter hatten meist selbst ein Interesse, ihre Spuren zu verwischen.

Als Hilfsmittel zur Erschließung der Dokumente stehen Orts-, Personen- und Institutionenregister zur Verfügung sowie die Archiv- und Abkürzungsverzeichnisse und ein Glossar. Der Anhang der PMJ-Bände ist mit zusätzlichen Nachschlagemöglichkeiten versehen.