Mit diesem Projekt hat das IfZ auf eine der größten geschichtswissenschaftlichen Debatten in der Geschichte der Bundesrepublik reagiert. Anlass für das groß angelegte Forschungsprojekt, das von Christian Hartmann geleitet und maßgeblich vom Bayerischen Staatsministerium für Wissenschaft, Forschung und Kunst finanziert wurde, war die lange und heftige Debatte, die seit 1995 über die Wehrmacht geführt wurde. Es war das Problem dieses Diskurses, dass er von Verallgemeinerungen lebte – von Verallgemeinerungen des persönlich Erlebten und des wissenschaftlich Erarbeiteten. Dagegen fehlten große wissenschaftliche Synthesen, schon weil die deutsche Historiografie die militärischen Aspekte der deutschen Vergangenheit lange Zeit fast völlig vernachlässigt hatte.

Dass die Debatte über die Wehrmacht, in der sich ein historiografisches und auch ein gesellschaftliches Problem fokussierten, so eskalieren und polarisieren konnte, war immer auch eine Folge dieses Defizits – mit einigen Detailstudien war es daher nicht getan. Im Zentrum der Forschungen standen vielmehr große, komparatistisch angelegte Darstellungen über das mit Abstand größte und folgenreichste Ereignis in der Geschichte der Wehrmacht – den deutsch-sowjetischen Krieg der Jahre 1941-1944. Dabei waren die Perspektiven der einzelnen Teilprojekte eng aufeinander bezogen: Oberste Truppenführung (Johannes Hürter), Praxis des Truppenalltags (Christian Hartmann), Besatzungspolitik in den rückwärtigen Militärverwaltungsgebieten (Dieter Pohl) und schließlich, um diese drei institutionell-räumlichen Vergleichsachsen: oben, unten, hinten, noch durch eine räumliche außerhalb des sowjetischen Kriegsschauplatzes zu ergänzen, eine Studie über den Einsatz der Wehrmacht im besetzten Frankreich 1943/44 (Peter Lieb).

In den verschiedenen Qualifikationsarbeiten, die in diesem Projekt entstanden sind – Autoren sind: Judith Schneider, Andreas Götz, Peter Lieb, Steffen Rohr, Max Spindler und Andreas Toppe, wurden noch weitere vergleichende Perspektiven entwickelt: institutionell (Luftwaffe, Waffen-SS), zeitlich (Erinnerungskultur) oder auch sachthematisch (Völker- und Kriegsrecht). Auch diese komparatistisch geprägten Ansätze waren stets auf die großen Fragestellungen bezogen, die dem Projekt zugrunde lagen.

Dass die Wehrmachtsausstellung im Sinne des klassischen dialektischen Dreischritts These, Antithese, Synthese schließlich überarbeitet wurde, ist auch eine Folge der Forschungen des Instituts für Zeitgeschichte. Einen sichtbaren Schlusspunkt bildete in dieser Hinsicht die vom Projekt zusammen mit dem Hamburger Institut für Sozialforschung organisierte Tagung im März 2004 und der im folgenden Jahr von Christian Hartmann, Johannes Hürter und Ulrike Jureit gemeinsam bei C.H. Beck herausgegebene Sammelband „Verbrechen der Wehrmacht“. Außerdem hat das Projekt im Oktober 2006 in Kooperation mit dem Militärgeschichtlichen Forschungsamt und dem Deutschen Komitee für die Geschichte des Zweiten Weltkriegs eine Tagung organisiert, aus der ein weiterer Sammelband hervorgegangen ist („Von Feldherrn und Gefreiten“).

Zur Arbeit des Projekts gehörten schließlich nicht nur die Grundlagenforschung, sondern auch andere Aktivitäten wie die Publikation populärwissenschaftlicher Bücher und Artikel, ferner zahlreiche Vorträge, Lehrveranstaltungen, Gutachten, Beiträge für Ausstellungen, Diskussions- oder Tagungsbeiträge sowie Film- und Dokumentationsberatungen, schon weil die lebhafte Debatte über die Wehrmacht und den Zweiten Weltkrieg nicht allein ein Thema der Wissenschaft war, sondern in besonderem Maße auch das einer breiten Öffentlichkeit.