Bundespräsident Frank-Walter Steinmeier hat Margit Szöllösi-Janze, Inhaberin des Lehrstuhls für Zeitgeschichte an der Ludwig-Maximilians-Universität München, in die Wissenschaftliche Kommission des Wissenschaftsrats berufen. Das Vorschlagsrecht für neue Mitglieder der Wissenschaftlichen Kommission wird gemeinsam von der Deutschen Forschungsgemeinschaft, der Fraunhofer-Gesellschaft, der Helmholtz-Gemeinschaft Deutscher Forschungszentren, der Hochschulrektorenkonferenz, der Leibniz-Gemeinschaft und der Max-Planck-Gesellschaft ausgeübt. Der Wissenschaftsrat ist eines der wichtigsten wissenschaftspolitischen Beratungsgremien in Deutschland. Er berät die Bundesregierung und die Regierungen der Länder in Fragen der inhaltlichen und strukturellen Entwicklung der Hochschulen, der Wissenschaft und der Forschung. Die Wissenschaftliche Kommission besteht aus 24 auf Vorschlag der Wissenschaftsorganisationen berufenen Mitgliedern sowie acht Persönlichkeiten des öffentlichen Lebens. Letztere werden auf gemeinsamen Vorschlag der Bundes- und Landesregierungen berufen. Das Pendant zur Wissenschaftlichen Kommission ist die Verwaltungskommission aus 22 Vertretern von Bund und Ländern, wobei die Vertreter der 16 Länder jeweils eine Stimme und die sechs Vertreter des Bundes 16 Stimmen führen. Die historischen Disziplinen sind außer durch Margit Szöllösi-Janze aktuell mit der ebenfalls neu berufenen Islamwissenschaftlerin Gudrun Krämer und dem Kunsthistoriker Gerhard Wolf im Wissenschaftsrat vertreten.

Margit Szöllösi-Janze ist seit April 2016 Mitglied des Herausgebergremiums der Vierteljahrshefte für Zeitgeschichte (von 2009 bis 2016 gehörte sie dem erweiterten Herausgeberkreis an).